До складу ЦГО входять 9 відділів:

• Відділ гідрології та державного водного кадастру
• Відділ господарського забезпечення
• Відділ організації виробництва і кадрів
• Відділ кліматології
• Відділ метеорології
• Відділ інформації про хімічне забруднення
• Відділ техніки
• Відділ спостережень за станом хімічного забруднення природного середовища
• Відділ радіоекологічного контролю

Структурним підрозділом ЦГО також є Галузевий державний архів гідрометслужби

Структура системи державної гідрометеорологічної служби станом на 1 січня 2013 року*

* – загальна чисельність складає 4846,5 одиниць (в т. ч. 99 працівників ДП «УАМЦ»)
** – функції обласного центру стосовно Києва і Київської області виконують ЦГО (спостереження) і УкрГМЦ (прогнозування).

С Т Р У К Т У Р А ЦЕНТРАЛЬНОЇ ГЕОФІЗИЧНОЇ ОБСЕРВАТОРІЇ з 01.01.2014

1. Керівництво.
2. Відділ кадрів (ВК):
3. Бухгалтерія (БГ).
4. Організаційно-плановий відділ (ОПВ):
4.1. Сектор документального забезпечення (СДЗ);
4.2. Сектор нормування витрат і робіт (СНВ).
5. Відділ метеорології (ВМ):
5.1. Сектор метеорологічного режиму (СМР);
5.2. Сектор обробки метеоданих (СОД);
5.3. Сектор актинометрії (САМ);
5.4. Сектор аерології (СА).
6. Відділ кліматології (ВКЛ).
7. Відділ гідрології та державного водного кадастру (ВГ ДВК):
7.1. Сектор державного водного кадастру (СДВК);
7.2. Комплексна гідрографічна партія (КГГП):
8. Відділ радіаційно-екологічного контролю (ВРЕК):
8.1. Сектор підготовки інформації (СПІ);
8.2. Лабораторія радіаційного контролю повітря І групи (ЛРКП);
8.3. Лабораторія радіохімії та пробопідготовки І групи (ЛРХ);
8.4. Сектор спектрометрії (СС).
9. Відділ спостережень за станом хімічного забруднення (ВСХЗ):
9.1. Лабораторія спостережень за забрудненням атмосферного повітря І групи (ЛСЗА) в т. ч. пости спостережень за забрудненням атмосферного повітря (ПСЗ):
стаціонарні:№ 6, №7, №8, № 9, №10, №11, №13, № 21 (м. Київ);
опорні: №1, №2, №3, №4, №17, №20 (м. Київ); № 1 (м. Бровари);
№ 1 (м. Обухів); № 1 (м. Українка).
9.2 Лабораторія спостережень за забрудненням поверхневих вод І групи (ЛСЗПВ);
9.3. Лабораторія спостережень за забрудненням ґрунтів та моніторингу важких металів ІІ групи (ЛСЗГ);
9.4. Лабораторія гідробіології ІІ групи (ЛГБ);
9.5. Лабораторія фізико-хімічних методів аналізу І групи (ЛФХМА).
10. Відділ інформації про стан забруднення природного середовища (ВІЗ):
10.1. Сектор візуалізації даних спостережень (СВД).
11. Відділ техніки (ВТ):
11.1. Сектор технічного обслуговування (СТО);
11.2. Сектор обслуговування комп’ютерної мережі (СОМ);
11.3. Сектор метрології (СМ);
12. Відділ господарського забезпечення (ВГЗ):
12.1 Сектор транспортного забезпечення (СТЗ).
13. Галузевий державний архів гідрометслужби (ГДА):
13.1. Відділ підготовки та видачі інформації (ВПІ);
13.2. Відділ зберігання інформації на паперових носіях (ВІП);
13.3. Відділ зберігання інформації на технічних носіях (ВІТ).
14. Об’єднана гідрометеорологічна станція (ОГМС) Київ в т.ч. стаціонарний пост спостереження за забрудненням атмосферного повітря (ПСЗ) № 5 (м. Київ):
14.1Сектор метеорологічних спостережень (СМС) ;
15 Об’єднана гідрометеорологічна станція (ОГМС) Баришівка.
16 Гідрологічна станція І розряду (Г) Київ:
16.1. Сектор річкових спостережень (CРC) в. т. ч. стаціонарний пост спостереження за забрудненням атмосферного повітря (ПСЗ) № 15 (м. Київ);
16.2. Сектор озерних спостережень (СОС);
16.3. Господарський сектор (ГС).
16.5. Гідрологічні пости першого розряду (ГП-І):
Круподеринцi (Вінницька область), Українка (Житомирська область), Переяслав-Хмельницький, Iванкiв, Мостище, Лiтки, Здорiвка, Фесюри, Миронiвка, Баришiвка, Березань (Київська область), Корсунь-Шевченкiвський, Пiщане, Млiїв, Золотоноша, Велика Яблунiвка, Балаклія (Черкаська область);
озерні гідрометеорологічні пости:
першого розряду (ОГП-І): Страхолісся, Толокунь, Лебедівка, Вишгород, Українка, Ржищів, Переяслав-Хмельницький (Київська область), Київ (м.Київ), Канів в/б, Канів н/б (Черкаська область), Дніпровське (Чернігівська область).
другого розряду (ОГП-ІІ) Чорнобиль (Київська область).
17. Агрометеорологічна станція (А) Миронівна.
18. Метеорологічна станція ІІ розряду (М) Біла Церква в т.ч. опорні пости спостереження за забрудненням атмосферного повітря (ПСЗ): № 1, № 2 (м. Біла Церква).
19. Метеорологічна станція ІІ розряду (М) Бориспіль.
20. Метеорологічна станція ІІ розряду (М) Вишгород.
21. Метеорологічна станція ІІ розряду (М) Тетерів.
22. Метеорологічна станція ІІ розряду (М) Фастів.
23. Метеорологічна станція ІІ розряду (М) Чорнобиль.
24. Метеорологічна станція ІІ розряду (М) Яготин.